大明天启五年（后金天命十年，1625 年），为更加便利地征伐蒙古、大明、朝鲜等势力，努尔哈赤决定迁都沈阳。当时群臣中有很多人反对，努尔哈赤回答说： “沈阳形胜之地，西征明，由都尔鼻渡辽河，路直且近；北征蒙古，二三日可至；南征朝鲜，可由清河路以进；且于浑河、苏克苏浒河之上流，伐木顺流下，以之治宫室、为薪，不可胜用也；时而出猎，山近兽多；河中水族，亦可捕而取之，朕筹此熟矣，汝等宁不及耶！”于是诸贝勒、大臣一致表示认同，说“此言诚然”。努尔哈赤于是便迁都沈阳，并且派人去迎接诸福晋、皇子，并把原先建州地区的人丁大量迁往辽东地区。
天命十一年（1626 年），自觉时机成熟的努尔哈赤亲率六万八千名铁骑，号称十三万大军西征明朝。此役，努尔哈赤决计彻底消除辽西的反金势力，并一举攻克山海关，另作他图。是年，努尔哈赤已经六十八岁。自感时日无多的他把数十年的理想赌于这场战役，他有这个信心，因为自起兵始至今四十四年来，无论多么险恶的战斗，他都会是最后的胜利者。
正月十四日，努尔哈赤率军兵出沈阳。十六日，八旗大军进抵东昌堡。十七日， 大军横渡辽河，“于旷野布兵，南至海岸， 北越广宁大路，前后络绎，首尾莫测，旌旗剑戟如林”。明朝兵部尚书兼辽东经略高第探知后金大军动向后心生畏惧，下令尽撤锦州、右屯、大小凌河及松山、杏山等地的明军和守城器具，退入关内。由于撤退命令来得十分突然，事前缺乏周密的组织工作，因此明军在撤退途中人马争先恐后，乱成一团，连平日屯积在各地的十多万石军粮也丢弃了。老百姓平白无故遭受逃难流亡的痛苦，在路上死亡的很多， 到处都能听到悲惨凄苦的哭声。百姓怨恨， 军队更加没有斗志了。锦州、右屯和大小凌河等地城堡均被放弃。只有宁远守将袁崇焕顾全国家大局，不肯弃城。
二十三日，六万八旗大军抵达宁远。此时宁远孤城仅有守军一万余人，危在旦夕。大明兵部尚书兼辽东经略高第和总兵杨麟拥重兵于山海关，却不去救援宁远。 袁崇焕得知后随即写下血书，与大将满桂， 副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可纲等将士盟誓，以死守城。袁崇焕一面坚壁清野，一面让同知程维楧盘查奸细，通判金启倧守护粮草。
当时努尔哈赤派被俘的汉人给袁崇焕带去劝降书，劝告袁崇焕说：“我用二十万大军进攻宁远，肯定会攻破它，你们这些将官，如果献城投降，我就封你们为高官，给予丰厚的赏赐。”袁崇焕则果断回复道：“义当死守，岂有降理！”
被拒绝的努尔哈赤恼羞成怒，下令攻城。正月二十四日晨，后金军推楯车、运钩梯，步骑蜂拥攻城西南角，却被明军猛烈的炮火击退。努尔哈赤又下令移兵攻城南，以楯车作掩护，在城门角两台间守御薄弱处凿开两丈见方的大洞四处。袁崇焕在此紧急关头，亲自担土搬石，堵塞缺口，血染战袍仍镇定自若，督率军民缚柴浇油并掺火药，用铁索垂至城下燃烧；又选健丁五十名缒城，用棉花火药等物将抵近城下的后金战车尽行烧毁。战至深夜，后金军损失惨重，只得暂缓攻势。次日，努尔哈赤继续指挥攻城，从早晨至晚上，双方激战一天。明军于城上施放炮火，杀伤大量后金骑兵。后金军畏惧炮火， 不敢近城。后金大将们持刀驱兵，仅至城下而返，抢走尸体，运至城西门外砖窑焚化。努尔哈赤无奈，下令退至离城五里之九龙宫扎营。
正月二十六日，后金军继续围城，精于骑射的八旗将士却依旧被阻于深沟高垒之前，矢石炮火之下，难以发挥骑战特长，伤亡甚重， 被迫撤军。
不过，虽然明军于宁远城阻止了后金军，但后金军却趁机夺取了明军的屯粮重地觉华岛（今葫芦岛）， 觉华岛上七千余名明军和七千余丁口商民都被后金军杀戮；八万余石粮料和两千余艘船都被后金军焚烧； 主岛作为明朝关外的后勤基地也被后金军摧毁。
遭遇宁远挫折、取得觉华岛之战胜利的努尔哈赤返回了沈阳。后金天命十一年（1626 年）八月十一，一代枭雄努尔哈赤怀着对宏图霸业的无限留念，逝于距离沈阳四十里的叆鸡堡，终年六十八岁。努尔哈赤被葬于沈阳清福陵。多年以后，大清朝建立时，努尔哈赤被尊为“清太祖”， 谥曰“承天广运圣德神功肇纪立极仁孝睿武端毅钦安弘文定业高皇帝”。
关于努尔哈赤的死因，史学界一直众说纷纭。清代官方史书都称努尔哈赤是病死的。如《清史稿》中记载，天命十一年七秋七月“上不豫”，至“八月丙午，上大 渐，乘舟回。庚戌，至爱鸡堡，上崩”。不过这些记载都过于简略，甚至连努尔哈赤得的是什么病都没有提到，显得极为隐晦和神秘。
另一种说法则认为努尔哈赤死于宁远之战中所受的重伤。朝鲜人李星龄所著《春坡堂日月录》中记载，宁远战事结束后， 袁崇焕曾经派遣使臣带着礼物前往后金营寨向努尔哈赤“致歉”，说：“老将（指努尔哈赤）横行天下久矣，今日见败于小子， 岂其数耶！”努尔哈赤“先已重伤”，这时备好礼物和名马回谢，请求约定再战的日期，最后终于“因懑恚而毙”。这条史料明确记载努尔哈赤是在宁远之战中受了重伤， 并且由于宁远兵败，精神上也受到了很大创伤，整日悒悒不自得。在肉体和精神受到双重创伤的情况下，这位沙场老将终于郁郁而终。
但清史专家李鸿彬却在《满族崛起与清帝国建立》一书中，对努尔哈赤“炮伤而死”论者的关键证据《春坡堂日月录》提出了质疑。第一，既然朝鲜译官韩瑗都知道努尔哈赤“先已重伤”，那么守卫宁远的最高统帅袁崇焕就应更加清楚，何况袁崇焕还曾派遣使臣前往后金营中察看过呢。如果努尔哈赤确实身负重伤，这当然是袁崇焕的特大功劳，也是明军的重大胜利，不光袁崇焕本人，朝廷上下、文武百官都应会对此事大书特书，以激励军民的士气。但是，无论是袁崇焕本人报告宁远大捷的奏折，还是朝廷表彰袁崇焕的圣旨， 抑或是朝臣祝贺袁崇焕宁远大捷的奏疏， 其中都只字不提努尔哈赤受伤之事，显然是后人附会之说。第二，努尔哈赤战败于宁远是天命十一年正月，至八月死，其间有七个月。从大量史料记载看，在这七个月中，努尔哈赤并没有去治病，而是“整修舟车，试演火器”，并且到“远边射猎， 挑选披甲”，积极准备再进攻宁远，以复前仇。四月亲率大军，征蒙古喀尔喀，“进略西拉木轮，获其牲畜”；五月毛文龙进攻鞍山，后方吃紧，这才回师沈阳。六月， 蒙古科尔沁部的鄂巴洪台吉来朝，他亲自“出郭迎十里”，全不像“重伤”之人。因此， 李鸿彬认为，努尔哈赤在宁远之战中有没有身受“重伤”，是不是“懑恚而毙”，很值得怀疑。
李鸿彬认为，努尔哈赤回到沈阳以后， 一则由于宁远兵败，赫赫有名的沙场老将败在初历战阵的青年将领手中，精神上受到很大的创伤，整日心情郁忿；二则因为年迈体衰，长期驰骋疆场，鞍马劳累，积劳成疾。同年七月中，努尔哈赤身患毒疽， 二十三日往清河汤泉疗养。八月七日，他的病情突然加重。五日之后，八月十一日， 努尔哈赤乘船顺太子河而下，转入浑河时与前来迎接的乌拉那拉氏相见后，行至离沈阳四十里的叆鸡堡逝世。
纵观努尔哈赤一生，可谓功过共存。他吸收了先进的社会生产方式和民族文化， 有力地推动了女真社会的发展。其先祖猛哥帖木儿率部落南迁，使女真社会由狩猎、牧放和采捕生产迈向农业生产。其后董山继承父志，密切了与汉族人民的关系，在女真地区与汉区之间架起一道经济交往的桥梁，完成了女真社会向农业生产发展的基本过渡。而脱罗、脱原保及其以后各代， 再次继承和发展前辈所开创的事业，奠定了明代女真社会统一的物质墓础。及至努尔哈赤父、祖时期，女真社会大变革时代来临。
在此基础上，作为女真新兴奴隶主集团的利益代表，努尔哈赤开始显现其威力。他统一了建州三卫，先后将分散两百多年的海西和东海女真各部归于一统。
军事征服中，努尔哈赤创建八旗制度， 又吸收汉、蒙古等各族官民，从而统一了女真地区的民族经济，集中了社会财富， 推动了女真社会的阶级分化。他还统一了各部族在服饰、居地、法制、生产、习俗、语言、婚姻诸方面的不同，加速了满族共同体的形成。
在政策方面，努尔哈赤严肃法纪、礼尊谋士、广集将勇、优待功臣、奖罚分明、厚养士卒。文化方面，他爱好汉族文化，精于战略战术。明朝人徐光启评论努尔哈赤： “厉志四十年，尊礼谋士，厚养健卒，博咨密议，简练训齐，其制器选士，政教服习， 不合于法者鲜矣。”（《徐文定公集·卷一》）
但是，努尔哈赤晚年也做了很多坏事、蠢事。尤其是天启五年的大屠杀，致全辽每年被杀者动辄以千、万计，严重地破坏了辽东社会生产力，使得后金人心尽失。
由于努尔哈赤晚年并没有贯彻将后金汗国封建帝国化的改革，而是对原始社会半军事共和制度残余妥协，制定了八王共治制度，所以在努尔哈赤死后，如何确定继任者就成为了一个悬而未决的问题。
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