批量miRNA的靶基因预测，不用代码怎么实现？

今天我们不介绍文章了，回答一个问题：批量miRNA的靶基因预测，不用代码怎么实现？

具体来说是这样的：有同学说在做数据分析的时候通过GEO的芯片分析找到了几十条显著差异的miRNA，想对这些miRNA进行靶基因预测，下面是22条举例的miRNA：

我们可以看到这里出现了miRNA的名字，但是出现了星号*等标记，我们前面在miRNA的名字，到底是什么意思？和3p还是5p，有必要区分吗？中说过，对于大多数miRNA来说，如果编号一样但3p和5p不同，其功能及调控的靶基因可能都是不同的，如miR-223-3p和miR-223-5p（通过mirbase查询）：

我们看到miR-223-3p和miR-223-5p的序列是不同的，而两条miRNA的previous ID分别是hsa-miR-223和hsa-miR-223*，而平时我们在文章里面经常见到的很多时候都是只出现hsa-miR-223或者hsa-miR-223*，

而不出现具体的3p还是5p信息，因此当我们看到这样信息的时候就可以通过mirbase（http://www.mirbase.org/）查询了。

下面我们回到问题，当我们拿到22条miRNA后，我们可以通过以前介绍过的一个工具进行靶基因预测（我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……），

工具：DIANA Tools，网址：http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software

我们用microT-CDS这个软件：

在搜索框中直接输入22条miRNA的名字后回车：

我们看到一个名字匹配到了多条miRNA，我们需要确定是哪一条，如果数量少的情况下，我们通过mirbase查询即可：

通过查询结果我们知道hsa-mir-96指的是hsa-mir-96-5p：

这样我们在界面选择hsa-mir-96-5p前面的箭头就可以了：

同样的道理，如果数量少我们可以一个个查，然后选择。

如果数量比较多的情况下，我们可以用mirbase的注释文件，需要进入FTP site：

然后选择aliases.txt.zip文件下载后打开：

我们看到hsa-mir-96*与hsa-mir-96-3p对应的是一个ID，这样我们就可以在Excel里面批量操作了。具体的操作方法大家可以通过Vlookup函数等实现，比较简单（不懂的同学可看这篇教程：(工具篇)：S4E07: 用Excel就能实现的几个逆天功能！）

好了，当我们选好以后在新的页面里面就出现了靶基因的情况：

每个预测的通过箭头可以打开：

右上角的红框里面可以下载：

简单筛选一下就可以了：