根据第五十三条的规定，行政机关公务员违法违纪取得的财物和用于违法违纪的非法财物，除依法应当由其他机关没收、追缴或者责令退赔的，由处分决定机关没收、追缴或者责令退赔。
行政机关公务员违法违纪取得的财物，是指行政机关公务员通过违法违纪行为获得的金钱、商品等动产和不动产，实施违法违纪行为所获得的利润及各种非法所得产生的孳息等。
行政机关公务员用于违法违纪的财物，是指行政机关公务员用于违法违纪的各种财物。没收，是指处分决定机关将行政机关公务员违法违纪所取得的财物和用于违法违纪的非法财物强制收归国有的行为。追缴，是指处分决定机关将行政机关公务员违法违纪所取得的财物和用于违法违纪的非法财物予以追回、收缴的行为。追缴不是一种对违法违纪财物和用于违法违纪的非法财物的最终的处理方式，而是要待案件办结后，根据不同情况分别予以处理，该退回原主的退回原主，该上缴国库的上缴国库。责令退赔，是指违法违纪所取得的财物和用于违法违纪的非法财物，因违法违纪人员消耗、使用或者毁坏而无法追回原物或恢复原状时，责令违法违纪人员用金钱或者实物予以赔偿。责令退赔的财物一般直接退还原所有人或者原持有人，但原所有人或者原持有人也参与了违法违纪活动的，则不予退赔，而应当上缴国库；找不到原主，即原所有人或者原持有人，无法退赔的，应当上缴国库。
“除依法应当由其他机关没收、追缴或者责令退赔的”，是指虽然是行政机关公务员违法违纪取得的财物和用于违法违纪的非法财物，处分决定机关有权予以没收、追缴或者责令退赔，但有关法律、法规中规定了由其他机关对该财物予以没收、追缴或者责令退赔的，就应当由其他机关予以没收、追缴或者责令退赔，而不应当由处分决定机关予以没收、追缴或者责令退赔。例如，行政机关公务员用于走私的财物和走私取得的财物(走私的货物、物品及违法所得)，依照《中华人民共和国海关法》的规定，应当由海关予以没收，处分决定机关就无权没收走私取得的财物。再如行政机关公务员赌博取得的财物和用于赌博的财物(赌博获得的钱财及赌资、赌具)，依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的有关规定，应当由公安机关予以没收，处分决定机关就无权予以没收。
(1)没收、追缴或者责令退赔的适用条件。 ①必须是违法违纪所取得的财物和用于违法违纪的财物。②执行的主体必须是处分决定机关。 有权进行没收、追缴或者责令退赔的机关，必须是本条例第三十四条规定的处分决定机关，即任免机关和监察机关。
(2)处分决定机关的没收与行政处罚机关的没收的区别。处分决定机关的没收与行政处罚机关的没收有本质区别：①性质不同。前者是对行政机关公务员违法违纪取得的财物和用于违法违纪的财物进行处理的一种措施，不是对违法违纪者采取的制裁措施，是行政机关的内部行政行为，当事人不服的，只能在处分决定机关系统内申请复核或者申诉；后者是行政处罚种类的一种，是通过对行政相对人采取没收的制裁措施而达到制止违法行为的目的，当事人对没收的处罚不服的，可以申请行政复议和提起行政诉讼。 ②对象不同。前者是针对违法违纪的行政机关公务员所采取的措施；后者是针对违反有关法律、法规的行政相对人所采取的措施。 ③法律依据不同。前者是依据《行政监察法》、《行政监察法实施条例》以及本条例等有关对内部行政行为实施管理和监督的法律、行政法规的规定，由处分决定机关予以没收的。法律、法规明确规定应由有关行政处罚机关予以没收的，处分决定机关应当移送有行政处罚权的机关依法没收或者向有行政处罚权的机关提出给予行政处罚的建议。后者是依据《行政处罚法》、《海关法》、《税收征收管理法》等有关对外部行政行为实施管理和监督的法律、行政法规的规定，由行政处罚机关予以没收的。 ④实施没收的机关不同。前者由处分决定机关实施，后者由有行政处罚权的行政机关实施。 ⑤当事人寻求救济的途径不同。对处分决定机关作出的没收决定不服，应当通过处分决定机关的复核、申诉程序来解决；对行政处罚机关作出的没收不服的，可以通过行政复议和行政诉讼的方式解决。
(3)处分决定机关的没收与刑罚中没收财产的区别。 处分决定机关的没收与刑罚中的没收财产也不同，二者的区别主要在于： ①性质不同。前者是处分决定机关对行政机关公务员违法违纪取得的财物和用于违法违纪的财物的一种收缴，其本身不构成对违法违纪行为人的合法财产触动；而没收财产则是刑罚的一种，是一种附加刑，是对犯罪分子个人所有财产的一部分或者全部无偿收归国有。 ②使用的主体不同。前者由处分决定机关作出；而没收财产则由审判机关依法判决。 ③使用的前提不同。前者的前提是行政机关公务员违法违纪；而没收财产的前提则是触犯刑律。 ④寻求救济的途径不同。对处分决定机关作出的没收违法违纪取得的财物和用于违法违纪的财物的决定不服的，只能通过向处分决定机关申诉来解决；而对没收财产不服则可以通过向审判机关上诉或者申诉来解决。（《行政机关公务员处分条例学习问答》人民出版社）
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