在中国古代史上，很少有可以与秦始皇的影响相提并论的人物。他功大过亦大，历来毁誉褒贬都十分激烈。为这样聚讼纷纭的历史巨人作传，又要写出他所经历的整个时代的概貌，实在是一件极其困难的事。在《报任安书》中，司马迁说，他著史是“网罗天下放失旧闻，略考其行事，综其终始，稽其成败兴坏之纪”。《秦始皇本纪》可以说是贯彻这一宗旨的一个典范。司马迁以他如椽之笔，以不足万字的篇幅，给我们展示了中国第一个统一封建皇朝建立前后四十余年风云变幻的历史画卷，把秦始皇这个在历史大转变中叱咤风云的人物，写得有血有肉，个性鲜明。特别揭示了秦皇朝“成败兴坏”的全过程，用以警告汉代统治者要关心人民的疾苦，否则“百姓怨望而海内叛矣”。[ 贾谊《过秦论》。]
无论怎么说，秦始皇首先是个对中国历史作出重要贡献的杰出的封建帝王。是他领导的统一战争，结束了春秋战国近五百年诸侯割据混战的局面，使人民可能有一个比较安定的环境从事生产。是他建立的秦皇朝在中国历史上第一次实现了真正意义上的疆域辽阔的统一，加强了各地区政治、经济、文化联系，为我国长期的统一奠定了基础。长期以来，我国封建社会以高度发展的经济和文化，屹立在世界文明的前列，而且能有效地抵抗外来侵略，保持国家的独立，都与秦统一的开创之功，有着不可分割的历史联系。
但是，汉兴以后，在司马迁当世，很少有不骂秦始皇的。司马迁不受时俗众议的迷惑，以一个杰出历史家的卓越史识，批评了那些因否定秦的暴政而不分青红皂白连带否定秦统一之功的“耳食”之儒，充分肯定了秦结束诸侯混战，统一天下的业绩，盛赞秦皇朝“成功大”。司马迁探索了秦之所以能实现统一的原因，首先是“天所助焉”[ 《史记·六国表序》。]。这个天，当然不是神，而是客观的历史事势。这个客观事势，司马迁在《秦始皇本纪》中以秦始皇的话阐明了，就是“天下共苦战斗不休，而求其宁息”，即人民要求统一的愿望成为不可阻挡的历史潮流。秦顺乎了这一潮流，所以说是得天之助。
从唯物史观来看，春秋战国的诸侯战争和秦统一，都是中国封建社会初期经济运动的必然产物。春秋战国时代，是我国古代封建制代替奴隶制的伟大变革时代。当时，农业生产者从奴隶制的桎梏下解放出来，劳动兴趣和生产积极性有了提高。加上铁农具的使用，水利灌溉事业的发展以及耕作方法的进步，农业生产以前所未有的速度向前发展。农业的发展，促进了手工业的进步，促进了商品交换的发展和商业城市的兴起，各地区间的经济联系日益密切，迫切需要实现全国的统一。从另一方面说，封建经济的基础是封建的土地所有制。在这种所有制下，封建主占有的土地越多，其剥削收入就越多，这就决定了封建地主阶级内部，必然要出现兼并土地的斗争。这种斗争在大封建主之间，就可能表现为攻城略地无休止的兼并战争。春秋后期，尤其是战国时期，持续几百年的诸侯割据混战局面，就是这种大封建主争夺土地所有权的表现。战争使原来的大小百余个诸侯国被兼并到只剩下齐、楚、燕、秦、韩、魏、赵七个大国，而大国之间的战争规模更大，更残酷，掠夺性更强，对生产力的破坏也更为严重。从封建统治阶级的整体和长远利益来说，就需要出现一个高踞于所有封建主之上，强有力的、统一的、中央集权的国家机器，来调整全国各大小封建主之间的关系，促进封建生产关系的完善与发展， 制止无休止的兼并战争对社会生产力的破坏，以政权的力量，去组织生产和对付那些受剥削的农民群众。从这一点来讲，结束混战局面，实现全国统一是一个伟大而且迫切的历史任务。战国后期，七国先后称王，都企图作统一之主。但是，统一大业只能由一国最终完成。
秦始皇嬴政是个幸运儿，历史选定了他去完成统一六国，建立大一统封建帝国的宏伟事业。秦国的先君大臣经过一百多年的努力，为他完成这一历史使命准备了充分的条件。司马迁对这一历史演变过程有明确的论述。他认为“秦起襄公，章于文、缪、献、孝之后，稍以蚕食六国，百有余载，至始皇，乃能并冠带之伦，以德若彼，用力如此，盖一统若斯之难也”[ 《史记·秦楚之际月表序》。]。为此，司马迁特作《秦本纪》，对秦由弱变强的历史转变进行了系统的叙述。故《秦始皇本纪》只在篇首简要提及。嬴政继位秦王时，秦地“已并巴、蜀、汉中，越宛有郢，置南郡矣；北收上郡以东，有河东、太原、上党郡；东至荥阳，灭二周，置三川郡”。[ 《史记·秦始皇本纪》，以下凡引本篇不再注明。] 可以说是三分天下有其二了，东方六国譬若秦之郡县。这说明秦始皇的先辈为他实现统一奠定了多么雄厚的基础。
嬴政继王位时只有十三岁。国家大权旁落在号为“仲父”的相国吕不韦和假阉人嫪毐手里。但司马迁对这两个人的写法有明显的不同。对吕不韦的写法是，“吕不韦为相，封十万户，号曰文信侯，招致宾客游士，欲以并天下”。以最简洁的语言，概括了吕不韦摄政时为秦最终统一天下作组织准备的功绩。司马迁还为吕不韦立了专传。《吕不韦列传》记载，吕不韦为了佐秦统一天下，招致天下宾客编纂《吕氏春秋》，探讨了新的历史条件下的封建政治理论体系，为秦统一作了政治和舆论的准备。吕不韦在书中论述了统一的方法，主张用义兵来“诛暴君”；论述了治国的方法，主张君主“无智，无能，无为”[ 《吕氏春秋》卷7“荡兵”，卷25“分职”。]。这些思想，在当时的历史条件下应该说是非常适宜的指导方针。可惜，秦始皇没有采纳无为而治的政治方针，却反其道而行之。否则，中国古代的历史可能就是另外一样写法了。显然，司马迁对吕不韦是基本肯定的，对嫪毐的写法就不是这样。嫪毐是一个淫佚、阴险而又权欲熏心的家伙。他不惜以假阉人的卑鄙手段入宫与太后淫乱，不几年就飞黄腾达，掌握了国政，乃至于“事无小大皆决于毐”了。在这样情况下，秦王嬴政亲政后，立即采取果断措施，首先消灭了嫪毐叛乱集团，继而又将吕不韦的势力一网打尽。从此，秦王政大权独揽，为他集全力进行统一战争铺平了道路。这时秦王只有二十二岁，而他的雄才大略已是崭露头角了。
秦王政亲政以后，重用李斯、尉缭等客卿，重新制定了对付六国的战略和策略，军事与外交双管齐下，开始了大规模统一六国的战争。秦王给予王翦、桓龁等老将以指挥全权，加强了对六国的军事进攻，由近及远，各个击破。为配合军事进攻，在外交上用重金贿赂以离间六国君臣，破坏各诸侯国之间的关系，使其合纵不成，内部纷扰。于是秦军势如破竹，先灭韩、次破赵、再得魏，然后倾全力加兵于楚，最后灭燕、定齐。从公元前230年至前221年，仅用了十年时间，就完成了统一六国的旷古大业，建立了第一个统一的多民族的中央集权的封建国家。司马迁在撰写这段历史时，以秦王政的活动为主线，注意到兼顾李斯、尉缭、王翦、桓龁等文臣武将的辅佐攻战之功，司马迁不仅记载了李斯、尉镣等大臣为统一所献之计，而且在叙述统一六国战争时，每战必书统兵将帅姓名，其中提到的麃公、杨端和、辛胜、腾、羌瘣等人皆因之而得以垂名汗青。当然，这些人之所以能发挥作用，与秦王政在统一战争时期思贤如渴、博采众议、从谏如流的突出品质是分不开的。《秦始皇本纪》中对此做了多次生动具体的叙述。秦王政因嫪毐谋反而迁怒母亲赵太后，齐人茅焦进谏这一不孝行为将导致六国“倍秦”，秦王政马上“迎太后于雍而入咸阳，复居甘泉官”。韩国间谍水工郑国入秦修渠，以延缓秦兵东进，阴谋揭露后，秦王政因而“大索逐客”，驱逐客籍官员。李斯上《谏逐客书》，秦王政就“止逐客令”，且让李斯掌握了大权。魏人尉缭给他献破六国合纵之策，他不仅“卒用其计策”，而且“见缭亢礼，衣服、食饮与缭同”。活画出一幅雄略君主礼贤下士的彩图。秦国君臣真是红花绿叶，相得益彰。
秦统一以后，在没有先例的情况下，面临创建大一统封建国家政权的艰巨任务。秦始皇是一个无畏的探索者，他以气吞山河的气魄，出色地完成了这一历史重任。从封建地主阶级的政治需要出发，他确立了至高无上的皇权，规定封建国家的最高统治者称“皇帝”，自称为“朕”，命令叫“制”“诏”，印叫“玺”；他自命为始皇帝，后代，以世来计数，要“二世、三世至于万世，传之无穷”。他设立了三公九卿的中央行政机构，在地方普遍推行郡县制度，在基层实行乡、亭、里的行政组织和伍什连坐制度，这样一套密如蛛网复杂的封建官僚和国家组织制度，便于地主阶级更有效地统治人民，对以后封建皇朝的政治制度有着深远的影响。他“令黔首自实田”，在全国范围内确立封建土地所有制，他统一度量衡，统一货币，统一文字，统一车轨，促进了全国各地经济、文化的交流和发展。秦始皇的这一系列建树，对中华民族这个统一体的形成与巩固，有着巨大的意义。为防止诸侯战祸的再起，他坚决摈弃了商、周以来的分封制，子弟功臣一概不予分封，郡县长官由皇帝任免，他收缴天下兵器，铸成了十二尊铜人为鐻的巨钟。他下令拆毁战国时各国所修的关塞、城廓、川防。他“徙天下豪富于咸阳十二万户”，更严密地控制怀有二心的六国旧人。他大规模地进行对边疆地区的统一战争，派蒙恬等人带兵北击匈奴，南征百越，向新征服的河套和五岭地区大规模移民。这些移民带去了中原地区的先进文化和生产技术，促进了当地的开发和民族融合。他下令西起临洮，东到辽东，修筑了举世闻名的万里长城，不仅在当时有效地阻止了北方匈奴对汉族地区的掠夺，而且成为中华民族悠久文明的象征。在当时，秦皇朝的疆域“西涉流沙，南尽北户，东到东海，北过大夏”，广袤万里，是世界上最强大的封建皇朝。他继承和发展了商鞅“重农抑商”的发展经济政策，对中国封建社会经济战略重心的确定影响极大。他大事巡游，到过陇西、北地、碣石、会稽、洞庭、琅邪、上党、南郡等地，到处推行统一的政教习俗，对中华民族统一风俗的形成有不小作用。任何一个历史人物，只要做了上述一件事，即可在青史留名。秦始皇在各方面全面建树，司马迁为之作大传，秦始皇当之无愧。
司马迁从“汉承秦制”认识到了秦开创中国封建一统国家政治制度的功绩。他曾说过：“秦有天下，悉内六国礼仪，采择其善，虽不合圣制，其尊君抑臣，朝廷济济，依古以来。至于高祖，光有四海，叔孙通颇有所增益减损，大抵皆袭秦故，自天子称号，下至佐僚及宫室、官名，少所变改”。[ 《史记·礼书》。] 在《秦始皇本记》中，作者不厌其烦地一件件记述了上述秦初建立国家制度和巩固统一的各项措施。鉴于汉分封同姓王导致七国之乱的历史记忆犹新，司马迁特別推崇秦始皇废分封制实行郡县制的果断措施。为此详细记叙了秦朝廷关于国家制度的两次辩论，让读者从中自明是非。第一次是秦始皇二十六年，丞相王绾建议在新近夺得的六国地区分封诸皇子为王。秦始皇交群臣讨论。廷尉李斯力陈分封之弊、郡县之利，秦始皇立即裁断：“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉！廷尉议是”。第二次是三十四年博士淳于越又挑起了关于分封同郡县的争论，他引殷、周为例，提出从巩固秦嬴皇权的目的出发，也必须封子弟为诸侯，且警告，“事不师古而能长久者，非所闻也”。李斯针锋相对地予以驳斥，指出：时代不同，国家制度也要相应变化，三代的事，是不足法的。秦始皇毫不含糊地再次支持了李斯的意见，更表明了他在历史转折关头作为一位决策者的英明。
但是，作为一位具有卓识远见和勤于思索的历史学家，司马迁的目的并不是为了秦王朝唱赞歌。他忠于历史，实录史事。他没有放过秦政暴虐的记载，以相当约篇幅探索了秦建国仅十五年即亡的历史教训。
秦的灭亡，有一个从秦始皇到二世的演变过程。秦的建立，使人民从战国纷乱中盼到了统一，人民是拥护秦皇朝的。贾谊说：“民莫不虚心而仰上”[ 贾谊《过秦论》。]，就道出了这一事实。但是，人民拥护统一，是急需有一个和平的环境来休养生息，发展生产。而秦始皇却不给人民以休养生息。他不惜民力、财力，进行了一系列浩大工程。早在灭六国的战争进行之时，他就征用大量人力物力，在渭水北岸仿照六国宫殿图样，修建了大片宫阙。六国统一的次年，秦始皇更是大规模营建土木工程，在渭水南岸修信宫和甘泉前殿。三十五年，在渭水南的上林苑修建规模宏大的阿房宮。史载秦始皇的离宫别馆多达七百余处，其中仅咸阳周围二百里内就有二百七十多处。他征发七十余万刑徒、奴隶，在骊山给自己修建规模极其庞大、装饰极为奢华、耗资无数的陵墓。《秦始皇本纪》中提到，骊山陵中“宫观、百官、奇器、珍怪徙臧满之”，如今的兵马俑坑仅是“百官”的一小部分，已被中外游人叹为观止。算一算秦始皇征发的徭役吧！修骊山墓七十万，筑长城五十万，备匈奴三十万，戍五岭五十万，再加上修驰道、水陆漕转的人，全国同时服役的人数竟在二百万以上。这对于当时只有两千多万人口的秦皇朝来说，十分之一、二的人口被征发，大大超过了人民负担能力的极限。“海内之士力耕不足粮饷，女子纺绩不足衣服”[ 《史记·平准书》。]，就是秦朝暴政的真实写照。同时，秦始皇还贯彻法家主张，诛杀无厌。司马迁说，他“刚毅戾深，事皆决于法，刻削毋仁恩和义”，仅刑罚名称，就有赀、笞、迁、耐、髡、黥、鋈、斩左右趾、宫、腐、戮、磔、弃市等十几种。秦法刑狱之严，使人没有伸屈之地，真是跋前疐后，动辄得咎。三十六年，仅因为有人在陨石上刻了“始皇帝死而地分”几个字，就“尽取石旁居人诛之”。在这种情况下，人民丧失了起码的生活条件，生命安全和社会生产的最起码保障都没有，社会还能不崩溃，人民还能不造反吗？
秦始皇的政策不仅使农民，而且使其它阶级阶层的人也无法照常生活下去。他严厉打击商人，把商人征发去边境戍守。他焚灭诗书，坑杀诸生，使中国文化典籍遭到有史以来第一次厄运，知识分子纷纷离心背秦。他喜怒无常，疑神见鬼，随意杀戮，或把官吏罚“筑长城及南越地”。使大小官僚“畏罪持禄”，“慑伏谩欺以取容”。到头来，他自己也成了个闭目塞听、不知世情的独夫。
公元前210年秋，秦始皇在沙丘病死，少子胡亥即位为二世皇帝。在赵高、李斯助纣为虐之下，秦二世变本加厉地推行暴政，“用法益刻深”。在埋葬秦始皇时，秦二世下令将后宫无子女的宫妃全部殉葬，把修陵工匠尽数活埋。他征发五万勇士屯卫咸阳。他豢养无数狗马禽兽，弄得关中地区严重粮荒。同时，秦二世大杀文臣武将和同胞兄弟，不仅杀害了为秦皇朝建立和巩固立了大功的蒙恬、李斯、冯去疾等，而且杀害了自己的兄弟姐妹二十多人，牵连而死者不可胜数。以至“宗室振恐”，“自君卿以下至于众庶，人怀自危之心”。社会上的各种矛盾尖锐到极点，陈胜、吴广振臂一呼，天下响应，赫赫一世的秦帝国崩于一旦，成为中国历史上最短命的封建一统皇朝。
司马迁对秦朝二世而亡感触很深，把探索秦“成败兴坏之纪”的宗旨贯穿于《秦始皇本纪》的始终。在“太史公曰”中也破例全引贾谊《过秦论》以为论赞，完全同意贾谊的分析，谴责秦皇朝不修仁政，它的灭亡是理所当然的。
在司马迁的笔下，秦皇朝的兴亡和秦始皇个人性格的发展以及制度的专横有密切的联系。因此，《秦始皇本纪》始终把秦始皇个人性格的描写，放到重要的位置。早在叙述秦王政从事统一战争过程中礼贤下士的历史时，司马迁就引用尉缭的议论，为后来嬴政性格的恶性发展埋下了伏笔。尉缭说：“秦王为人，少恩而虎狼心，居约易出人下，得志亦轻食人。诚使秦王得志于天下，天下皆为虏矣”。果然，统一全国以后，陶醉于战争的胜利、统一的成功、至高无上的皇权、臣僚们歌功颂德之中的秦始皇忘乎所以了。司马迁记载秦始皇为自己树碑立传的六篇石刻铭文别具深意。这些铭文充分表现了秦始皇自我陶醉的得意之情：唯我独尊，唯我独是。司马迁画龙点睛地评论说，始皇“呜得意”，揶揄之情入骨三分。铭文中，大臣们肉麻地吹捧神化秦始皇的情态也溢于言表。这些，导致了秦始皇性格中的刚愎暴戾恶性膨胀，他独断独行，滥施淫威，再也听不得不同意见，更不允许别人的批评。诸生因批评秦的政策而遭致焚书之祸；李斯勿攻匈奴的建议，被他拒绝；长子扶苏对坑儒提出劝告，被遣出咸阳为蒙恬监军。司马迁最后将侯生、卢生私下的议论全行录出，用以揭示秦始皇刚愎自用的恶劣品格。说道：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱史，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相、诸大臣皆受成事，倚辨于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法，不得兼方，不验辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳，谀不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此”。 这时的秦始皇，已从一个睿明有为的英主转化成昏庸、贪权、胡作非为的暴君，在他统治下，人民怎能安生呢？
《秦始皇本纪》还反映了司马迁朴素唯物的历史观。他不信鬼，不信神，用了不少篇幅，揭露秦始皇妄想成神成仙而受骗于方士的愚蠢行为。始皇二十八年，巡游琅邪，齐人徐巿说海中有住着神仙的三神山，始皇果然派徐巿带领童男童女几千人下海求仙人。三十二年，始皇到碣石，又派燕人卢生寻找仙人羡门、高誓，派韩终、侯生、石生去寻“求仙人不死之药”。三年以后，卢生没有找到仙人，也没有寻到不死之药，就欺骗秦始皇，说有恶鬼妨碍仙人，为了避开恶鬼，他必须与世人隔绝，行动不能为人所知。于是秦始皇自称“真人”，下令用复道、甬道将咸阳附近二百里内二百七十座宫观连接起来，“帷帐、钟鼓、美人充之，各案署不移徙”，谁若透露出秦始皇的行踪和意图，就是死罪。自我禁锢，真正成了金碧辉煌囚笼中的孤家寡人了。一个叱咤风云为所欲为的帝王，竟然受制于几个小小的方士，耗资巨万，不仅没有见到仙人，没有求到不死之药，反而自己身死于外，身后赵高、胡亥政变于内，这种惨痛的教训对秦皇朝轰轰烈烈的历史简直是一个辛辣的讽刺！但这无情的历史事实正揭示了历史的必然性。历史事实证明，君主越是神化，统治越是专断，而他本人也越容易被人愚弄和操纵，他的权力也越容易被奸人篡夺。说到底，赵高、胡亥这两个最终亡秦孽种的出现，是秦始皇晚年专横神秘的必然结果。
当然，司马迁并没有把秦灭亡的过错完全归于秦始皇一人。在写秦朝大臣列传时，他篇篇批评大臣们失职。他评判王翦“不能辅秦建德，固其根本，偷合取容，以至圽身”[ 《史记 ·白起王翦列传》。]；他责斥李斯“知六艺之归，不务明政，以补主上之缺，持爵禄之重，阿顺苟合，严威酷刑，听高邪说，废嫡立庶”[ 《史记·李斯列传》。]；他指责蒙恬“不以此时强谏，振百姓之急，养老存孤，务修众庶之和，而阿意兴功”[ 《史记·蒙恬列传》。]。是非分明，功过各论，足见司马迁见识超人。
中国古代史学历来重视“惩恶劝善”“直笔”“实录”，司马迁所撰写的《秦始皇本纪》，可以说是一部典型的“实录”史传，我们从中可以得到的东西实在太多了。
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